DESCRIPTION :
Mission La personne recrutée sera rattachée au responsable de l'Accélérateur de Recherche Technologique
principale (ART-INSERM) situé au Centre de Biologie Structurale (CBS) de Montpellier. Elle aura pour mission
principale de concevoir, développer et maintenir des outils logiciels et des pipelines d'analyse de
données pour accompagner des projets en biologie synthétique et en biologie quantitative. Elle
contribuera également à l'analyse des données, à l'interprétation des résultats et à la valorisation
scientifique (rapports, publications, outils).
Activités * Concevoir, développer et optimiser les pipelines d'analyse de données pour l'imagerie, la
principales cytométrie, le séquençage et la transcriptomique
* Développer des outils pour la conception assistée de circuits génétiques, y compris l'optimisation
des séquences, la modélisation et l'analyse
* Mettre en œuvre des flux de travail reproductibles et automatisés
* Gérer le versionnage des codes et des pipelines à l'aide de systèmes de contrôle de version tels
que Git, GitLab et GitHub
* Conteneuriser et déployer des outils sur des environnements de calcul (clusters, cloud, serveurs
locaux) à l'aide de Docker ou Singularity
* Maintenir les pipelines et fournir une assistance aux utilisateurs, y compris la résolution des
bogues et les mises à jour
* Documenter les outils et les flux de travail à la fois techniquement et fonctionnellement
* Rester à jour avec les dernières technologies, outils, méthodologies et meilleures pratiques dans
le domaine
* Participer à l'analyse des besoins des projets de recherche
* Collaborer avec les équipes de biologie synthétique, de bio-informatique et potentiellement avec
des plateformes technologiques (imagerie, cytométrie, séquençage)
* Former et accompagner des utilisateurs (scientifiques et ingénieurs)
* Assurer des activités d'encadrement de stagiaires dans son domaine scientifique
* Contribuer à la rédaction de publications, rapports, dossiers techniques ou scientifiques
* Participer ponctuellement aux activités transversales liées au fonctionnement informatique de
l'institut, en coordination avec les équipes techniques (exemple : support léger aux utilisateurs,
contribution aux bonnes pratiques de gestion des données, réflexion sur les évolutions des
infrastructures locales si pertinent)
Spécificité(s) et * Travail prolongé sur écran
environnement * Gestion de gros volumes de données (imagerie, séquençage, cytométrie)
du poste
* Nécessité de maintenir plusieurs pipelines en parallèle
* Délais parfois contraints liés aux besoins des projets de recherche
Institut national de la santé et de la recherche médicale 2, * Assurer la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des analyses
* Adapter et intégrer des outils open-source aux besoins des projets
* Analyser et interpréter des jeux de données biologiques complexes
* Capacité à interagir efficacement avec les différents acteurs scientifiques du projet (biologistes,
bio-informaticiens, ingénieurs biologie synthétique), + * Sur la politique handicap de l'Inserm et sur la mise en place d'aménagements de poste de travail
Code d'emploi : Ingénieur Logiciel (h/f)
Domaine professionnel actuel : Programmeurs
Niveau de formation : Bac+5
Temps partiel / Temps plein : Plein temps
Type de contrat : Contrat à durée déterminée (CDD)
Compétences : Analyse des Données, Bash Shell, Cloud Computing, Intégration Continue, Linux, Github, Python (Langage de Programmation), Technologie Open Source, Outils de Logiciel, Conception et Développement de Logiciel, Gitlab, Git, Gestion des Données, Slurm, Docker, Capacité d'Analyse, Sens de la Communication, Sens de l'Organisation, Minutie ou Attention aux Détails, Motivation Personnelle, Curiosité, Recherche, Biologie, Recherche Médicale, Systèmes de Contrôle, Traçabilité, Gestion des Infrastructures, Maintenance et Dépannage, Biologie Moléculaire et Cellulaire, Gestion de la Qualité, Restauration Collective, Reproductibilité, Analyse des Besoins, Gestion des Ressources, Rédaction de Dossiers Techniques, Recherche Technologique, Support et Assistance aux Utilisateurs, Workflows, Imagerie, Organisation et Préparation des Réunions
Courriel :
Julien.espeut@cbs.cnrs.fr
emploi.handicap@inserm.fr
florence.lepage@cbs.cnrs.fr
Téléphone :
0499636001
Type d'annonceur : Employeur direct