DESCRIPTION :
Poste Agents fonctionnaires de l'Inserm par voie Catégorie A
ouvert aux de mobilité interne
candidats Corps IE
Agents fonctionnaires non Inserm par voie, Mission Votre rôle sera de contribuer au projet de recherche dans le cadre d'une subvention de L'ERC et de
principale l'ANR obtenue par l'équipe récemment . Votre rôle consistera à être le premier bio-informaticien
dédié de l'équipe, comblant ainsi une lacune cruciale en établissant et en standardisant nos
pipelines de calcul et nos routines d'analyse de données. Ce travail couvrira un éventail de
projets passionnants, allant de la recherche fondamentale explorant la manière dont l'expression
des gènes est régulée par les métabolites, à des études translationnelles. Dans le cadre de ces
projets translationnels, vous intégrerez des données multi-omiques provenant d'échantillons de
patients et de divers modèles (incluant des modèles murins et cellulaires) pour comprendre les
mécanismes des maladies hépatobiliaires, et pour identifier de nouveaux biomarqueurs ainsi que
les réponses aux traitements médicamenteux. Bien que notre équipe de biologistes possède
déjà certaines compétences en bio-informatique, votre expertise constituera la pierre angulaire
qui unifiera nos divers projets. Vous établirez et standardiserez les pipelines d'analyse de
données, la mise en place du stockage et de l'organisation des données ainsi que d'un plan de
gestion des données.
Activités * Intervenir auprès des chercheurs à un stade de conception des projets pour étudier la
principales faisabilité de l'application de la technologie souhaité pour répondre à la question biologique
posée
* Assurer la réception des données essentiellement de l'une des plateformes de séquençage,
assurer un contrôle qualité des données brutes de séquençage RNA (bulk RNA-seq, singlecell-RNA-seq)
et DNA (ChIP-seq, CUT&RUN-seq, CUT&Tag-seq, ATAC-seq)
* Appliquer des contrôles qualités adaptés à chaque jeu de données
* Accompagner les chercheurs lors du retour des données de séquençage (génomique ou
transcriptomique) pour l'aider à les prendre en main (accessibilité des formats de sortie de
données)
* Conseiller et former les chercheurs à accéder aux données via des outils d'interrogation et de
visualisation, en mettant en place des pipelines facilement utilisables par des biologistes (ex.
Galaxy, Jupyter)
* Aide à l'interprétation des résultats
* Assurer un lien avec l'une des plateformes bio-informatique de l'INEM et de SFR-Necker en
participant à son activité en lien avec les projets développés à l'équipe
* Assurer un suivi bibliographique des méthodologies appliquées dans le domaine de la
génétique statistique et de la bioinformatique
* Présenter occasionnellement des synthèses des résultats en réunion d'équipe, encadrer
des stagiaires (L3, M1 ou M2) et des doctorants débutants
Spécificité(s) et Notre laboratoire fait partie d'un centre de recherche international multidisciplinaire en médecine
environnement moléculaire - l'Institut Necker Enfants Malades (INEM) - qui est situé dans les locaux récemment
du poste rénovés de la Faculté de Médecine (Université de Paris Cite). Vous travaillerez dans un
environnement de travail franco-anglais très dynamique et stimulant sur le plan scientifique, en étroite
collaboration avec des collègues qui viennent du monde entier. Vous aurez l'occasion de
communiquer avec des chercheurs et cliniciennes de différents niveaux et dans divers domaines en
Institut national de la santé et de la recherche médicale 2, recherche fondamentale, translationnelle et clinique. Vous aurez également l'opportunité de rejoindre
un réseau de bioinformaticiens, composé d'ingénieurs permanents et de personnel contractuel
travaillant au sein de notre institut. Ce réseau facilite les échanges grâce à des réunions de travail
régulières et à une infrastructure partagée. Vous aurez la possibilité de collaborer avec les collègues
de la plateforme locale de bioinformatique de l'SFR-Necker, reconnus pour leur vaste expertise dans
ce domaine (https://fr.sfr-necker.fr/bioinformatics).
Connaissances * Recueil, analyse et traitement des données NGS
* Principes généraux en génétique, génomique, en biologie moléculaire, transcription des
gènes
* Connaissances en biostatistique appliquée aux données RNA-seq, constructions de réseaux,
test d'enrichissement, réduction de dimensionnalité des données
Code d'emploi : Ingénieur en Bioinformatique (h/f)
Domaine professionnel actuel : Biologistes
Niveau de formation : Bac+4
Temps partiel / Temps plein : Plein temps
Type de contrat : Contrat à durée déterminée (CDD)
Compétences : Applications Analytiques, Analyse des Données, Bio-Informatique, Unix, Biologie Computationnelle, R (Langage de Programmation), Python (Langage de Programmation), Données Brutes, Traitement des Données, Jupyter, Technologies Informatiques, Gestion des Données, Anglais, Compétences Interpersonnelles, Sens de l'Organisation, Esprit d'Équipe, Recherche, Biologie Molleculaire, Biostatistique, Recherche Médicale, Laboratoire d'Analyses Médicales (LAM), Travaux de Saisie, Pharmacothérapie, Expression des Gènes, Génétique, Interrogatoire Policier, Outils Pédagogiques, Gestion de la Qualité, Recherche et Développement, Gestion des Ressources, Vérification de la Conformité aux Règles d'Interconnexion, Contrôle Qualité, Management d'Équipe, Opérations Logistiques, Organisation et Préparation des Réunions
Courriel :
emploi.handicap@inserm.fr
panasyuklab@gmail.com
Type d'annonceur : Employeur direct